Даже самое лучшее в мире аппаратное обеспечение становится бесполезным без программ, способных работать на нём. Руководствуясь этим, несколько операционных систем были перенесены, или продолжают переноситься, для Pegasos. Это даёт широкий размах от внедрённых в реальном времени до сетевых серверных операционных систем, предоставляя Вам возможность выбора операционной системы на любой вкус, способную удовлетворить Ваши потребности.

MorphOS

MorphOS возвращает веселье в мир компьютеров - мощная, небольшая операционная система для PowerPC-процессоров, работающих в Pegasos. MorphOS сделана для пользователя, она проста в использовании, и Вы не нуждаетесь в дополнительных часах тренировок или необходимости помнить сложные команды. MorphOS отличается очень быстрой отзывчивостью, так что Вам не нужно будет её ждать. Она полностью конфигурируемая и внешне изменяемая, что позволяет Вам менять её внешний вид на любой, какой Вы хотите. С MorphOS Вы мастер!

MorphOS имеет сообщество активных пользователей и разработчиков с большим количеством программ для разработки. Это также включает быстрый JIT-эмулятор, с которым Вы можете выполнять многие программы от классической серии Commodore Axx00 компьютеров.

Linux

GNU/Linux - бесплатная операционная система, первоначально разработанная Линусом Торвальдсом с участием разработчиков во всём мире. Разработанный под общественной лицензией GNU GPL, исходный код Linux свободно доступен каждому. Благодаря этому открытая модель для разработки за эти годы подвергалась постоянным усовершенствованиям, и теперь её можно найти на разных устройствах от web-серверов до PDA.

Pegasos поставляется вместе с Debian GNU/Linux на базе дистрибутива PegXLin, который включает в себя набор новаторских пакетов. Также Debian имеет тысячи доступных программных пакетов для скачивания и лёгкой установки.

Другие дистрибутивы, которые также работают на Pegasos:

Следующие операционные системы находятся в стадии портирования для платформы Pegasos:

Следующие операционные системы работают на Pegasos под эмуляцией:

| AmigaOS 3.x | Mac OS 9 | Mac OS X | Windows |